6500万年前の白亜紀後期、地球上の恐竜たちは宇宙から降ってきた隕石により絶滅し、恐竜時代の終わりを告げた。
それから現代の地球。
ある日の朝、空から降ってきた小さな隕石を発見したDキッズの古代リュウタ。
同じメンバーであるレックス オーエンと竜野マルムとともに隕石が落ちた場所へと向かう。
そこにはそれぞれ紋章が異なる三つの石板と本物の恐竜、「トリケラトプス」を封じ込めたカードを見つけた。
リュウタはトリケラトプスをガブと名づけて連れて帰り、恐竜博士であり、リュウタの父親である剣竜に相談し、調べてもらうことにした。
そんな時、突然ティラノサウルスを連れた秘密結社アクト団がリュウタたちの前に現れ、ガブを狙い襲い掛かってきた。
必死で逃げ、ピンチに追い込まれたが、駆けつけた剣竜から完成させたばかりのDホルダーでディノスラッシュし、ガブを成体にさせてなんとかティラノの脅威を跳ね除けた。
すると石板が収まっている三人のDホルダーから絶滅した恐竜たちの心の声が響き渡り、助けを求めてきた。
リュウタたちは相棒の恐竜たちとともに、世界中に散りばめられている恐竜カードを回収し、アクト団から恐竜を守るために戦う。